細菌分類表- 维基百科，自由的百科全书

中文名稱採用慣例（包括網上搜索途徑）以及拉丁名直接意譯，部分參考《細菌名稱》第二版，拉丁文意譯參考原核生物名稱(英文)網站。

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本表列到屬級。

後面帶*者爲尚未被IJSEM雜誌確認的分類。

參見：細菌。

目次 1酸桿菌門(Acidobacteria) 1.1酸桿菌綱(Acidobacteria) 1.2全噬菌綱(Holophagae) 2放線菌門(Actinobacteria)（高G+C革蘭氏陽性菌） 2.1放線菌綱(Actinobacteria) 3產水菌門(Aquificae) 3.1產水菌綱(Aquificae) 4擬桿菌門(Bacteroidetes) 4.1擬桿菌綱(Bacteroidetes) 4.2黃桿菌綱(Flavobacteria) 4.3鞘脂桿菌綱(Sphingobacteria) 4.4綱未定 5衣原體門(Chlamydiae) 5.1衣原體綱(Chlamydiae) 6綠菌門(Chlorobi) 6.1綠菌綱(Chlorobia) 7綠彎菌門(Chloroflexi) 7.1厭氧繩菌綱(Anaerolineae) 7.2暖繩菌綱(Caldilineae) 7.3綠彎菌綱(Chloroflexi) 8產金菌門(Chrysiogenetes) 8.1產金菌綱(Chrysiogenetes) 9藍藻門(Cyanobacteria) 9.1藍藻綱(Cyanobacteria) 10脫鐵桿菌門(Deferribacteres) 10.1脫鐵桿菌綱(Deferribacteres) 11異常球菌-棲熱菌門(Deinococcus-Thermus) 11.1異常球菌綱(Deinococci) 12網團菌門(Dictyoglomi) 12.1網團菌綱(Dictyoglomi) 13纖維桿菌門(Fibrobacteres) 13.1纖維桿菌綱(Fibrobacteres) 14厚壁菌門(Firmicutes)（低G+C革蘭氏陽性菌） 14.1芽孢桿菌綱(Bacilli) 14.2梭菌綱(Clostridia) 14.3熱石桿菌綱(Thermolithobacteria) 15梭桿菌門(Fusobacteria) 15.1梭桿菌綱(Fusobacteria) 16芽單胞菌門(Gemmatimonadetes) 16.1芽單胞菌綱(Gemmatimonadetes) 17黏膠球形菌門(Lentisphaerae) 17.1黏膠球形菌綱(Lentisphaerae) 18硝化螺旋菌門(Nitrospirae) 18.1硝化螺旋菌綱(Nitrospira) 19浮黴菌門(Planctomycetes) 19.1浮黴菌綱(Planctomycetacia) 20海綿桿菌門(Poribacteria)* 21變形菌門(Proteobacteria) 21.1α-變形菌綱(Alphaproteobacteria) 21.2β-變形菌綱(Betaproteobacteria) 21.3δ-變形菌綱(Deltaproteobacteria) 21.4ε-變形菌綱(Epsilonproteobacteria) 21.5γ-變形菌綱(Gammaproteobacteria) 22螺旋體門(Spirochaetes) 22.1螺旋體綱(Spirochaetes) 23柔膜菌門(Tenericutes) 23.1柔膜菌綱(Mollicutes) 24熱脫硫桿菌門(Thermodesulfobacteria) 24.1熱脫硫桿菌綱(Thermodesulfobacteria) 25熱微菌門(Thermomicrobia) 25.1熱微菌綱(Thermomicrobia) 26熱袍菌門(Thermotogae) 26.1熱袍菌綱(Thermotogae) 27疣微菌門(Verrucomicrobia) 27.1豐祐菌綱(Opitutae) 27.2疣微菌綱(Verrucomicrobiae) 28門未定 28.1纖線桿菌綱(Ktedonobacteria) 29註釋 酸桿菌門(Acidobacteria)[編輯] 酸桿菌綱(Acidobacteria)[編輯] 酸桿菌目(Acidobacteriales) 酸桿菌科(Acidobacteriaceae) 酸桿菌屬(Acidobacterium) 土壤桿菌屬(Edaphobacter)[1] (Terriglobus) 全噬菌綱(Holophagae)[編輯] 石鱉桿菌目(Acanthopleuribacterales) 石鱉桿菌科(Acanthopleuribacteraceae) 石鱉桿菌屬(Acanthopleuribacter) 全噬菌目(Holophagales) 全噬菌科(Holophagaceae) 地髮菌屬(Geothrix) 全噬菌屬(Holophaga) 放線菌門(Actinobacteria)（高G+C革蘭氏陽性菌）[編輯] 放線菌綱(Actinobacteria)[編輯] 酸微菌亞綱(Acidimicrobidae) 酸微菌目(Acidimicrobiales) 酸微菌亞目(Acidimicrobineae) 酸微菌科(Acidimicrobiaceae) 酸微菌屬(Acidimicrobium) (Iamiaceae) (Iamia) 放線菌亞綱(Actinobacteridae) 放線菌目(Actinomycetales) 放線菌亞目(Actinomycineae) 放線菌科(Actinomycetaceae) 放線棒菌屬(Actinobaculum) 放線菌屬(Actinomyces) 隱秘桿菌屬(Arcanobacterium) 鐮弧菌屬(Falcivibrio) 動彎桿菌屬(Mobiluncus) (Varibaculum) (Actinopolysporineae) (Actinopolysporaceae) (Actinopolyspora) (Catenulisporineae) (Actinospicaceae) (Actinospica) (Catenulisporaceae) (Catenulispora) 棒桿菌亞目(Corynebacterineae) 棒桿菌科(Corynebacteriaceae) (Bacterionema) (Caseobacter) 棒桿菌屬(Corynebacterium) (Turicella) 迪茨氏菌科(Dietziaceae) 迪茨氏菌屬(Dietzia) 分枝桿菌科(Mycobacteriaceae) 分枝桿菌屬(Mycobacterium)（含結核桿菌） 諾卡氏菌科(Nocardiaceae) 戈登氏菌屬(Gordonia) (Micropolyspora) (Millisia) 諾卡氏菌屬(Nocardia) 紅球菌屬(Rhodococcus) 斯科曼氏菌屬(Skermania) (Williamsia) (Smaragdicoccus) (Segniliparaceae) (Segniliparus) 束村氏菌科(Tsukamurellaceae) 束村氏菌屬(Tsukamurella) 弗蘭克氏菌亞目(Frankineae) 酸熱菌科(Acidothermaceae) 酸熱菌屬(Acidothermus) 弗蘭克氏菌科(Frankiaceae) 弗蘭克氏菌屬(Frankia) 地嗜皮菌科(Geodermatophilaceae) 芽球菌屬(Blastococcus) 地嗜皮菌屬(Geodermatophilus) (Modestobacter) (Kineosporiaceae) (Cryptosporangium) (Kineococcus) (Kineosporia) (Nakamurellaceae) (Humicoccus) (Nakamurella) (Quadrisphaera) 孢魚菌科(Sporichthyaceae) 孢魚菌屬(Sporichthya) 糖黴菌亞目(Glycomycineae) 糖黴菌科(Glycomycetaceae) 糖黴菌屬(Glycomyces) (Stackerbrandtia) 微球菌亞目(Micrococcineae) 獲山氏菌科(Beutenbergiaceae) 獲山氏菌屬(Beutenbergia) 喬治菌屬(Georgenia) 薩勒河菌屬(Salana) 博戈里亞湖菌科(Bogoriellaceae) 博戈里亞湖菌屬(Bogoriella) 短桿菌科(Brevibacteriaceae) 短桿菌屬(Brevibacterium) 纖維素單胞菌科(Cellulomonadaceae) 纖維素單胞菌屬(Cellulomonas) 厄氏菌屬(Oerskovia) (Tropheryma) (Dermabacteraceae) (Brachybacterium) (Dermabacter) (Dermacoccaceae) (Demetria) (Dermacoccus) (Kytococcus) (Dermatophilaceae) (Dermatophilus) (Kineosphaera) (Intrasporangiaceae) (Arsenicicoccus) (Humihabitans) (Intrasporangium) (Janibacter) (Knoellia) (Kribbia) (Lapillicoccus) (Ornithinicoccus) (Ornithinimicrobium) (Oryzihumus) (Serinicoccus) (Terrabacter) (Terracoccus) 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(Prauserella) (Pseudoamycolata) (Pseudonocardia) (Saccharomonospora) (Saccharopolyspora) (Streptoalloteichus) (Thermobispora) (Thermocrispum) 鏈黴菌亞目(Streptomycineae) 鏈黴菌科(Sterptomycetaceae) (Actinopycnidium) (Actinosporangium) (Chainia) (Elytrosporangium) 北里菌屬(Kitasatoa) 北里孢菌屬(Kitasatospora) (Microellobosporia) (Streptacidiphilus) 鏈黴菌屬(Streptomyces) (Streptoverticillium) (Streptosporangineae) (Nocardiopsaceae) (Nocardiopsis) (Streptomonospora) (Thermobifida) (Streptosporangiaceae) (Acrocarpospora) (Herbidospora) (Microbispora) (Microtetraspora) (Nonomuraea) (Planobispora) (Planomonospora) (Planotetraspora) (Sphaerisporangium) (Streptosporangium) (Thermopolyspora) (Thermomonosporaceae) 珊瑚狀放線菌屬(Actinocorallia) (Actinomadura) (Excellospora) (Spirillospora) (Thermomonospora) 雙歧桿菌目(Bifidobacteriales) 雙歧桿菌科(Bifidobacteriaceae) (Aeriscardovia) (Alloscardovia) 雙歧桿菌屬(Bifidobacterium) (Gardnerella) (Metascardovia) (Parascardovia) (Scardovia) 科未定 (Coriobacteridae) (Coriobacteriales) (Coriobacterineae) (Coriobacteriaceae) 奇異菌屬(Atopobium) (Collinsella) (Coriobacterium) (Cryptobacterium) (Denitrobacterium) (Eggerthella) (Olsenella) (Slackia) 紅色桿菌亞綱(Rubrobacteridae) 紅色桿菌目(Rubrobacterales) 紅色桿菌亞目(Rubrobacterineae) (Conexibacteraceae) (Conexibacter) (Patulibacteraceae) (Patulibacter) 紅色桿菌科(Rubrobacteraceae) 紅色桿菌屬(Rubrobacter) (Solirubrobacteraceae) (Solirubrobacter) (Thermoleophilaceae) (Thermoleophilum) 球形桿菌亞綱(Sphaerobacteridae) 球形桿菌目(Sphaerobacterales) 球形桿菌亞目(Sphaerobacterineae) 球形桿菌科(Sphaerobacteraceae) 球形桿菌屬(Sphaerobacter) 產水菌門(Aquificae)[編輯] 產水菌綱(Aquificae)[編輯] 產水菌目(Aquificales) 產水菌科(Aquificaceae) 產水菌屬(Aquifex) (Calderobacterium) (Hydrogenivirga) (Hydrogenobacter) (Hydrogenobaculum) (Thermocrinis) 除硫桿菌科(Desulfurobacteriaceae) (Balnearium) 除硫桿菌屬(Desulfurobacterium) 熱弧菌屬(Thermovibrio) (Hydrogenothermaceae) (Hydrogenothermus) (Persephonella) (Sulfurihydrogenibium) 擬桿菌門(Bacteroidetes)[編輯] 擬桿菌綱(Bacteroidetes)[編輯] 擬桿菌目(Bacteroidales) 擬桿菌科(Bacteroidaceae) (Acetomicrobium) (Anaerophaga) (Anaerorhabdus) 擬桿菌屬(Bacteroides) (Pontibacter) 紫單胞菌科(Porphyromonadaceae) (Barnesiella) (Capsularis) (Dysgonomonas) (Hallella) (Odoribacter) (Oribaculum) (Paludibacter) (Parabacteroides) 紫單胞菌屬(Porphyromonas)（多譯作「卟啉單胞菌」，但porphyro-應來源於希臘語「紫色」） (Proteiniphilum) (Tannerella) (Xylanibacter) 普雷沃氏菌科(Prevotellaceae) 普雷沃氏菌屬(Prevotella)（或譯作「普氏菌」） 理研菌科(Rikenellaceae) (Alistipes) (Alkaliflexus) (Marinilabilia) (Petrimonas) 理研菌屬(Rikenella)（註：Riken是日語「理化學研究所」簡稱） 科未定 (Acetofilamentum) (Acetothermus) 黃桿菌綱(Flavobacteria)[編輯] 黃桿菌目(Flavobacteriales) 蟑螂桿狀體科(Blattabacteriaceae) 蟑螂桿狀體屬(Blattabacterium) (Cryomorphaceae) (Algoriphagus) (Brumimicrobium) (Crocinitomix) (Cryomorpha) (Fluviicola) 李時珍菌屬(Lishizhenia) (Owenweeksia) 黃桿菌科(Flavobacteriaceae) (Actibacter) (Aequorivita) (Algibacter) (Aquimarina) (Arenibacter) 伯傑菌屬(Bergeyella) (Bizionia) 碳酸噬胞菌屬(Capnocytophaga)（註：多譯作「二氧化碳噬纖維菌屬」） 噬纖維素菌屬(Cellulophaga) 金黃桿菌屬(Chryseobacterium) (Cloacibacterium) (Coenonia) (Costertonia) (Croceibacter) 獨島菌屬(Dokdonia) 東海菌屬(Donghaeana) (Elizabethkingia) (Empedobacter) (Epilithonimonas) (Flaviramulus) 黃桿菌屬(Flavobacterium) (Formosa) 泥灘桿菌屬(Gaetbulibacter) 泥灘微菌屬(Gaetbulimicrobium) (Galbibacter) (Gelidibacter) (Gillisia) (Gilvibacter) 革蘭菌屬(Gramella) (Kaistella) (Kordia) (Krokinobacter) (Lacinutrix) 列文虎克菌屬(Leeuwenhoekiella) (Lutibacter) (Maribacter) (Mariniflexile) (Marixanthomonas) (Mesonia) (Muricauda) (Myroides) (Nonlabens) (Olleya) (Ornithobacterium) (Persicivirga) (Pibocella) 極地桿菌屬(Polaribacter) 冷彎菌屬(Psychroflexus) (Psychroserpens) (Riemerella) (Robiginitalea) (Salegentibacter) (Sandarakinotalea) (Sediminibacter) (Sediminicola) 世宗菌屬(Sejongia) (Stanierella) (Stenothermobacter) (Subsaxibacter) (Subsaximicrobium) (Tamlana) (Tenacibaculum) (Ulvibacter) (Vitellibacter) (Wautersiella) (Weeksella) (Winogradskyella) 麗水菌屬(Yeosuana) (Zeaxanthinibacter) 周氏菌屬(Zhouia) (Zobellia) 王祖農菌屬(Zunongwangia) 鞘脂桿菌綱(Sphingobacteria)[編輯] 鞘脂桿菌目(Sphingobacteriales) 泉髮菌科(Crenotrichaceae) (Balneola) (Chitinophaga) 泉髮菌屬(Crenothrix) (Rhodothermus) (Salinibacter) (Terrimonas) (Toxothrix) (Flammeovirgaceae) (Flammeovirga) (Flexithrix) (Perexilibacter) (Persicobacter) (Rapidithrix) (Sediminitomix) (Thermonema) 屈撓桿菌科(Flexibacteraceae) (Adhaeribacter) (Aquiflexum) (Arcicella) (Belliella) (Chimaereicella) (Cyclobacterium) 噬胞菌屬(Cytophaga)（註：目前多稱此屬爲「噬纖維菌屬」，此處依拉丁文） (Dyadobacter) (Echinicola) (Effluviibacter) (Emticicia) (Fabibacter) (Flectobacillus) 屈撓桿菌屬(Flexibacter) (Hongiella) (Hymenobacter) (Larkinella) (Leadbetterella) (Marinicola) (Meniscus) (Microscilla) (Niastella) (Persicitalea) (Reichenbachiella) (Rhodonellum) (Roseivirga) (Runella) (Spirosoma) 生孢噬胞菌屬(Sporocytophaga) 腐螺旋菌科(Saprospiraceae) (Aureispira) (Haliscomenobacter) (Lewinella) 腐螺旋菌屬(Saprospira) 鞘脂桿菌科(Sphingobacteriaceae) (Mucilaginibacter) (Olivibacter) (Parapedobacter) (Pedobacter) (Pseudosphingobacterium) 鞘脂桿菌屬(Sphingobacterium) 科未定 (Niabella) 綱未定[編輯] (Flavisolibacter) (Fulvivirga) (Prolixibacter) (Segetibacter) 衣原體門(Chlamydiae)[編輯] 衣原體綱(Chlamydiae)[編輯] 衣原體目(Chlamydiales) 衣原體科(Chlamydiaceae) 衣原體屬(Chlamydia) 嗜衣體屬(Chlamydophila) 副衣原體科(Parachlamydiaceae) 新衣原體屬(Neochlamydia) 副衣原體屬(Parachlamydia) 芯卡體科(Simkaniaceae) 芯卡體屬(Simkania)（註：人名縮寫簡稱，此處用音譯） 棍衣原體屬(Rhabdochlamydia)* 華診體科(Waddliaceae) 華診體屬(Waddlia)（註：WADDL爲「華盛頓動物病診斷實驗室」縮寫） 綠菌門(Chlorobi)[編輯] 綠菌綱(Chlorobia)[編輯] 綠菌目(Chlorobiales) 綠菌科(Chlorobiaceae) 臂綠菌屬(Ancalochloris) 綠棒菌屬(Chlorobaculum) 綠菌屬(Chlorobium) 綠爬菌屬(Chloroherpeton) 暗網菌屬(Pelodictyon) 突柄綠菌屬(Prosthecochloris) 綠彎菌門(Chloroflexi)[編輯] 厭氧繩菌綱(Anaerolineae)[編輯] 厭氧繩菌目(Anaerolineales) 厭氧繩菌科(Anaerolineaceae) 厭氧繩菌屬(Anaerolinea) (Bellilinea) 纖繩菌屬(Leptolinea) (Levilinea) 長繩菌屬(Longilinea) 暖繩菌綱(Caldilineae)[編輯] 暖繩菌目(Caldilineales) 暖繩菌科(Caldilineaceae) 暖繩菌屬(Caldilinea) 綠彎菌綱(Chloroflexi)[編輯] 綠彎菌目(Chloroflexales) 綠彎菌科(Chloroflexaceae) 綠彎菌屬(Chloroflexus) 綠線菌屬(Chloronema) 太陽髮菌屬(Heliothrix) 玫瑰彎菌屬(Roseiflexus) 顫綠菌科(Oscillochloridaceae) 顫綠菌屬(Oscillochloris) 爬管菌目(Herpetosiphonales) 爬管菌科(Herpetosiphonaceae) 爬管菌屬(Herpetosiphon) 產金菌門(Chrysiogenetes)[編輯] 產金菌綱(Chrysiogenetes)[編輯] 產金菌目(Chrysiogenales) 產金菌科(Chrysiogenaceae) 產金菌屬(Chrysiogenes) 藍藻門(Cyanobacteria)[編輯] 藍藻綱(Cyanobacteria)[編輯] 註：目前有三套藍藻分類系統，分別爲NCBI、Bergey's手冊及Cavalier-Smith（2002年，僅分至目)。

本文採用的Bergey's手冊中藍藻內的分類，不論目科屬，均爲形態分類，其中目在手冊中爲「Subsection」而非「Order」，目、科均未列名稱，此處目名稱爲習慣用法，科不列名稱；屬除Halospirulina和Trichodesmium之外均標爲「形態屬」(FormGenus)而非「屬」(Genus)。

表中在形態分類後面加註"@"。

預料不久的將來整個藍藻分類系統將會大調，與其它細菌統一爲系統發育分類系統。

此外，因漢語「藻」字可指多種水生光合產氧生物，包括多支互不相關的原生生物甚至高等水生植物，此處仍用按照「藻」翻譯藍藻門(Cyanobacteria)細菌。

但也可依據個人理念將名稱定爲「某菌」或「某藍菌」，但應注意避免與其餘細菌重名。

第一目（色球藻目(Chroococcales)）@ 第一科@ 管孢藻屬(Chamaesiphon)@ 色球藻屬(Chroococcus)@ (Cyanobacterium)@ (Cyanobium)@ (Cyanothece)@ 藍纖維藻屬(Dactylococcopsis)@ (Gloeobacter)@ 黏球藻屬(Gloeocapsa)@ 黏桿藻屬(Gloeothece)@ 微囊藻屬(Microcystis)@ 原綠球藻屬(Prochlorococcus)@ 原綠藻屬(Prochloron)@ 聚球藻屬(Synechococcus)@ 集胞藻屬(Synechocystis)@ 第二目（寬球藻目(Pleurocapsales)）@ 第一科@ (Cyanocystis)@ (Dermocarpella)@ (Stanieria)@ 異球藻屬(Xenococcus)@ 第二科@ 擬色球藻屬(Chroococcidiopsis)@ 黏囊藻屬(Myxosarcina)@ 寬球藻屬(Pleurocapsa)@ 第三目（顫藻目(Oscillatoriales)）@ 第一科@ 節螺藻屬(Arthrospira)@（包含商業化螺旋藻） (Borzia)@ (Crinalium)@ (Geitlerinema)@ 鹽螺旋藻屬(Halospirulina) (Leptolyngbya)@ (Limnothrix)@ 鞘絲藻屬(Lyngbya)@ 微鞘藻屬(Microcoleus)@ 顫藻屬(Oscillatoria)@ (Planktothrix)@ 原綠髮藻屬(Prochlorothrix)@ (Pseudanabaena)@ 螺旋藻屬(Spirulina)@ (Starria)@ 束藻屬(Symploca)@ 束毛藻屬(Trichodesmium) (Tychonema)@ 第四目（唸珠藻目(Nostocales)）@：亦作念珠藻目 第一科@ 魚腥藻屬(Anabaena)@ 項圈藻屬(Anabaenopsis)@ 束絲藻屬(Aphanizomenon)@ (Cyanospira)@ (Cylindrospermopsis)@ 筒孢藻屬(Cylindrospermum)@ 節球藻屬(Nodularia)@ 唸珠藻屬(Nostoc)@：亦作念珠藻屬 僞枝藻屬(Scytonema)@ 第二科@ 眉藻屬(Calothrix)@ 膠鬚藻屬(Rivularia)@ 單歧藻屬(Tolypothrix)@ 第五目（真枝藻目(Stigonematales)）@ 第一科@ (Chlorogloeopsis)@ 費氏藻屬(Fischerella)@ (Geitleria)@ (Iyengariella)@ 擬唸珠藻屬(Nostochopsis)@：亦作擬念珠藻屬 真枝藻屬(Stigonema)@ 脫鐵桿菌門(Deferribacteres)[編輯] 脫鐵桿菌綱(Deferribacteres)[編輯] 脫鐵桿菌目(Deferribacterales) [[脫鐵桿菌科(Deferribacteraceae) 脫鐵桿菌屬(Deferribacter) (Denitrovibrio) (Flexistipes) 地弧菌屬(Geovibrio) (Mucispirillum) 科未定 暖髮菌屬(Caldithrix) (Synergistes) 異常球菌-棲熱菌門(Deinococcus-Thermus)[編輯] 異常球菌綱(Deinococci)[編輯] 異常球菌目(Deinococcales) 異常球菌科(Deinococcaceae) 異常桿菌屬(Deinobacter) 異常球菌屬(Deinococcus) 特呂珀菌科(Trueperaceae) 特呂珀菌屬(Truepera) 棲熱菌目(Thermales) 棲熱菌科(Thermaceae) 海棲熱菌屬(Marinithermus) 亞棲熱菌屬(Meiothermus) 海洋棲熱菌屬(Oceanithermus) 棲熱菌屬(Thermus) 火山棲熱菌屬(Vulcanithermus) 網團菌門(Dictyoglomi)[編輯] 網團菌綱(Dictyoglomi)[編輯] 網團菌目(Dictyoglomales) 網團菌科(Dictyoglomaceae) 網團菌屬(Dictyoglomus) 纖維桿菌門(Fibrobacteres)[編輯] 纖維桿菌綱(Fibrobacteres)[編輯] 纖維桿菌目(Fibrobacterales) 纖維桿菌科(Fibrobacteraceae) 纖維桿菌屬(Fibrobacter) 厚壁菌門(Firmicutes)（低G+C革蘭氏陽性菌）[編輯] 芽孢桿菌綱(Bacilli)[編輯] 芽孢桿菌目(Bacillales) (Alicyclobacillaceae) (Alicyclobacillus) (Pasteuria) (Sulfobacillus) 芽孢桿菌科(Bacillaceae) (Alkalibacillus) (Amphibacillus) (Anoxybacillus) 芽孢桿菌屬(Bacillus) (Caldalkalibacillus) (Cerasibacillus) (Exiguobacterium) (Filobacillus) (Geobacillus) (Gracilibacillus) (Halalkalibacillus) (Halobacillus) (Haloactibacillus) (Jeotgalibacillus) (Lentibacillus) (Lysinibacillus) (Marinibacillus) (Oceanobacillus) (Ornithinibacillus) (Paraliobacillus) (Paucisalibacillus) (Pelagibacillus) (Piscibacillus) (Pontibacillus) 糖球菌屬(Saccharococcus) (Salibacillus) (Salimicrobium) (Salinibacillus) (Salirhabdus) (Sasuginibacillus) (Tenuibacillus) (Terribacillus) (Thalassobacillus) (Ureibacillus) (Virgibacillus) (Vulcanibacillus) (Caryophanaceae) (Caryophanon) 李斯特氏菌科(Listeriaceae) 環絲菌屬(Brochothrix) 李斯特氏菌屬(Listeria) (Paenibacillaceae) (Ammoniphilus) (Aneurinibacillus) (Brevibacillus) (Cohnella) (Oxalophagus) (Paenibacillus) (Thermicanus) (Thermobacillus) (Planococcaceae) (Filibacter) 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漫遊球菌屬(Vagococcus) 乳桿菌科(Lactobacillaceae) 乳桿菌屬(Lactobacillus) (Paralactobacillus) 片球菌屬(Pediococcus) 明串珠菌科(Leuconostocaceae) 明串珠菌屬(Leuconostoc) (Oenococcus) (Weissella) 顫螺旋菌科(Oscillospiraceae) 顫桿菌屬(Oscillibacter) 顫螺旋菌屬(Oscillospira) 鏈球菌科(Streptococcaceae) 乳球菌屬(Lactococcus) (Lactovum) 鏈球菌屬(Streptococcus) 科未定 (Acetoanaerobium) 互營球菌屬(Syntrophococcus) 梭菌綱(Clostridia)[編輯] 梭菌目(Clostridiales) 梭菌科(Clostridiaceae) (Acetanaerobacterium) (Acetivibrio) (Acidaminobacter) (Alkaliphilus) (Anaerobacter) (Anaerotruncus) (Anoxynatronum) (Bryantella) (Caloramator) (Caloranaerobacter) (Caminicella) (Clostridiisalibacter) 梭菌屬(Clostridium) (Coprobacillus) (Dorea) (Ethanoligenens) (Faecalibacterium) (Fastidiosipila) (Garciella) (Gracilibacter) (Guggenheimella) (Hespellia) (Natronincola) (Oxobacter) (Parasporobacterium) 八疊球菌屬(Sarcina) (Soehngenia) (Sporacetigenium) (Sporobacter) (Subdoligranulum) (Tepidibacter) (Tepidimicrobium) (Thermobrachium) (Thermohalobacter) (Tindallia) 優桿菌科(Eubacteriaceae) 醋桿菌屬(Acetobacterium) (Alkalibacter) (Anaerofustis) (Anaerovorax) 優桿菌屬(Eubacterium) (Mogibacterium) (Pseudoramibacter) 太陽桿菌科(Heliobacteriaceae) 太陽桿狀菌屬(Heliobacillus) 太陽桿菌屬(Heliobacterium) 嗜日菌屬(Heliophilum) (Heliorestis) 毛螺旋菌科(Lachnospiraceae) (Acetitomaculum) (Anaerofilum) (Anaerostipes) 丁酸弧菌屬(Butyrivibrio) (Catenibacterium) (Catonella) 糞球菌屬(Coprococcus) (Johnsonella) (Lachnobacterium) 毛螺旋菌屬(Lachnospira) (Moryella) (Oribacterium) 假丁酸弧菌屬(Pseudobutyrivibrio) (Roseburia) 瘤胃球菌屬(Ruminococcus) (Shuttleworthia) (Sporobacterium) 消化球菌科(Peptococcaceae) (Carboxydothermus) (Cryptanaerobacter) (Dehalobacter) (Desulfitobacterium) (Desulfonispora) (Desulfosporosinus) (Desulfotomaculum) (Pelotomaculum) 消化球菌屬(Peptococcus) (Syntrophobotulus) (Thermincola) (Thermoterrabacterium) 消化鏈球菌科(Peptostreptococcaceae) (Anaerococcus) (Filifactor) (Finegoldia) (Fusibacter) (Gallicola) (Helcococcus) 微單胞菌屬(Parvimonas)（原名Micromonas） (Peptoniphilus) 消化鏈球菌屬(Peptostreptococcus) (Sedimentibacter) (Sporanaerobacter) (Tissierella) 互營單胞菌科(Syntrophomonadaceae) (Aminiphilus) (Aminobacterium) (Aminomonas) (Anaerobaculum) (Anaerobranca) (Caldicellulosiruptor) (Carboxydocella) (Dethiosulfovibrio) (Pelospora) 互營單胞菌屬(Syntrophomonas) (Syntrophospora) 互營熱菌屬(Syntrophothermus) (Thermaerobacter) (Thermanaerovibrio) (Thermohydrogenium) (Thermosyntropha) (Thermovirga) 韋榮氏菌科(Veillonellaceae) (Acetonema) 胺基酸球菌屬(Acidaminococcus) (Allisonella) (Anaeroarcus) (Anaeroglobus) (Anaeromusa) (Anaerosinus) (Anaerovibrio) (Centipeda) (Dendrosporobacter) (Dialister) (Megamonas) (Megasphaera) 光岡菌屬(Mitsuokella) (Papillibacter) (Pectinatus) (Pelosinus) (Phascolarctobacterium) (Propionispira) (Propionispora) (Quinella) (Schwartzia) 新月形單胞菌屬(Selenomonas) 鼠孢菌屬(Sporomusa) (Sporotalea) (Succiniclasticum) (Succinispira) (Thermosinus) 韋榮氏菌屬(Veillonella) (Zymophilus) 科未定 (Anaerovirgula) (Dethiosulfatibacter) (Geosporobacter) (Howardella) (Proteiniborus) 鹽厭氧菌目(Halanaerobiales) 鹽厭氧菌科(Halanaerobiaceae) 鹽厭氧菌屬(Halanaerobium) (Halocella) (Haloincola) (Halothermothrix) 鹽擬桿菌科(Halobacteroidaceae) (Acetohalobium) (Halanaerobacter) 鹽擬桿菌屬(Halobacteroides) (Halonatronum) (Natroniella) (Orenia) (Selenihalanaerobacter) (Sporohalobacter) 鹽鹼厭氧菌目(Natranaerobiales) 鹽鹼厭氧菌科(Natranaerobiaceae) 鹽鹼厭氧菌屬(Natranaerobius) 熱厭氧桿菌目(Thermoanaerobacteriales) 熱厭氧桿菌科(Thermoanaerobacteriaceae) (Acetogenium) (Ammonifex) (Caldanaerobacter) (Carboxydibrachium) (Coprothermobacter) (Desulfovirgula) (Gelria) (Mahella) (Moorella) (Sporotomaculum) (Tepidanaerobacter) (Thermacetogenium) 熱厭氧單胞菌屬(Thermanaeromonas) (Thermoanaerobacter) (Thermoanaerobium) (Thermoanaerobacterium) 熱厭氧菌屬(Thermoanaerobium) (Thermobacteroides) (Thermosediminibacter) (Thermovenabulum) 熱脫硫菌科(Thermodesulfobiaceae) 熱脫硫菌屬(Thermodesulfobium) 目未定 (Desulfitibacter) (Symbiobacterium) 熱石桿菌綱(Thermolithobacteria)[編輯] 熱石桿菌目(Thermolithobacterales) 熱石桿菌科(Thermolithobacteraceae) 熱石桿菌屬(Thermolithobacter) 梭桿菌門(Fusobacteria)[編輯] 梭桿菌綱(Fusobacteria)[編輯] 梭桿菌目(Fusobacteriales) 梭桿菌科(Fusobacteriaceae) 梭桿菌屬(Fusobacterium) (Ilyobacter) 纖毛菌屬(Leptotrichia) (Propionigenium) (Sebaldella) (Sneathia) (Streptobacillus) 科未定 (Cetobacterium) 芽單胞菌門(Gemmatimonadetes)[編輯] 芽單胞菌綱(Gemmatimonadetes)[編輯] 芽單胞菌目(Gemmatimonadales) 芽單胞菌科(Gemmatimonadaceae) 芽單胞菌屬(Gemmatimonas) 黏膠球形菌門(Lentisphaerae)[編輯] 黏膠球形菌綱(Lentisphaerae)[編輯] 黏膠球形菌目(Lentisphaerales) 黏膠球形菌科(Lentisphaeraceae) 黏膠球形菌屬(Lentisphaera) 食物谷菌目(Victivallales) 食物谷菌科(Victivallaceae) 食物谷菌屬(Victivallis) 硝化螺旋菌門(Nitrospirae)[編輯] 硝化螺旋菌綱(Nitrospira)[編輯] 硝化螺旋菌目(Nitrospirales) 硝化螺旋菌科(Nitrospiraceae) 鉤端螺菌屬(Leptospirillum) 硝化螺旋菌屬(Nitrospira) 磁桿菌屬(Magnetobacterium)* 熱脫硫弧菌屬(Thermodesulfovibrio) 浮黴菌門(Planctomycetes)[編輯] 浮黴菌綱(Planctomycetacia)[編輯] 浮黴菌目(Planctomycetales) 浮黴菌科(Planctomycetaceae) (Blastopirellula) (Gemmata) (Isosphaera) 小梨形菌屬(Pirellula) 浮黴菌屬(Planctomycetes) 紅小梨形菌屬(Rhodopirellula) (Schlesneria) 科未定（均未能分離培養，見厭氧氨氧化菌） (Brocadia)* (Kuenenia)* (Scalindua)* 海綿桿菌門(Poribacteria)*[編輯] 變形菌門(Proteobacteria)[編輯] α-變形菌綱(Alphaproteobacteria)[編輯] 柄桿菌目(Caulobacterales) 柄桿菌科(Caulobacteraceae) (Asticcacaulis) 短波單胞菌屬(Brevundimonas) 柄桿菌屬(Caulobacter) 苯基桿菌屬(Phenylobacterium) (Kordiimonadales) (Kordiimonadaceae) (Kordiimonas) 短小盒菌目(Parvularculales) 短小盒菌科(Parvularculaceae) 短小盒菌屬(Parvularcula) 根瘤菌目(Rhizobiales) 橙單胞菌科(Aurantimonadaceae) 橙單胞菌屬(Aurantimonas) (Fulvimarina) (Martelella) 巴通體科(Bartonellaceae) 巴通體屬(Bartonella) (Grahamella) (Rochalimaea) 拜葉林克氏菌科(Beijerinckiaceae) 拜葉林克氏菌屬(Beijerinckia) (Chelatococcus) (Methylocapsa) (Methylocella) 慢生根瘤菌科(Bradyrhizobiaceae) 阿菲波菌屬(Afipia) 農單胞菌屬(Agromonas) (Balneimonas) 芽生桿菌屬(Blastobacter) (Bosea) 慢生根瘤菌屬(Bradyrhizobium) 硝化桿菌屬(Nitrobacter) (Oligotropha) (Rhodoblastus) 紅假單胞菌屬(Rhodopseudomonas) 布魯氏菌科(Brucellaceae) 布魯氏菌屬(Brucella) (Crabtreella) (Daeguia) 支動菌屬(Mycoplana) 蒼白桿菌屬(Ochrobactrum) (Pseudochrobactrum) 黏著桿菌科(Cohaesibacteraceae) 黏著桿菌屬(Cohaesibacter) 生絲微菌科(Hyphomicrobiaceae) (Ancalomicrobium) (Angulomicrobium) 水桿菌屬(Aquabacter) 芽綠菌屬(Blastochloris) (Devosia) (Dichotomicrobium) (Filomicrobium) 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立克次體屬(Rickettsia) SAR11群* 遠洋桿菌屬(Pelagibacter)* 科未定 (Lyticum) (Odyssella)* (Pseudocaedibacter) (Symbiotes) (Tectibacter) 鞘脂單胞菌目(Sphingomonadales) 赤桿菌科(Erythrobacteraceae) (Altererythrobacter) 赤桿菌屬(Erythrobacter) 赤微菌屬(Erythromicrobium) 紫桿菌屬(Porphyrobacter) 鞘脂單胞菌科(Sphingomonadaceae) 芽單胞菌屬(Blastomonas) 檸檬酸微菌屬(Citromicrobium)* 赤單胞菌屬(Erythromonas) 新鞘脂菌屬(Novosphingobium) (Sandaracinobacter) (Sandaracinorhabdus） 鞘脂菌屬(Sphingobium) 鞘脂單胞菌屬(Sphingomonas) (Sphingopyxis) (Sphingosinicella) 發酵單胞菌屬(Zymomonas) 目未定 (Albimonas) (Caenispirillum) (Insolitispirillum) (Novispirillum) β-變形菌綱(Betaproteobacteria)[編輯] 伯克氏菌目(Burkholderiales) 產鹼菌科(Alcaligenaceae) 無色桿菌屬(Achromobacter) (Advenella) 產鹼菌屬(Alcaligenes) (Azohydromonas) 博德氏菌屬(Bordetella) (Brackiella) (Castellaniela) 德克斯氏菌屬(Derxia) (Kerstersia) (Oligella) (Pelistega) (Pigmentiphaga) (Pusillimonas) (Sutterella) (Taylorella) (Tetrathiobacter) 伯克氏菌科(Burkholderiaceae) 伯克氏菌屬(Burkholderia) (Chitinimonas) (Cupriavidus) (Lautropia) (Limnobacter) (Pandoraea) 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